生物安全柜可分為、二級生物安全柜和三級生物安全柜。這三大類可滿足不同的生物和防疫要求。

　　與Ⅰ級生物安全柜不同的是，未經過濾的進氣流會在到達區域前被進風格柵俘獲，因此試驗品不會受到外界空氣的污染。二級生物安全柜的一個*之處在于經過HEPA過濾器過濾的垂直層流氣流從安全柜頂部吹下，被稱作下沉氣流。下沉氣流不斷吹過安全柜區域，以保護柜中的試驗品不被外界塵埃或細菌污染。

　　按照規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個：

　　A1型，A2型(原B3型)，B1型和B2型。所有的二級生物安全柜都可人員、環境和產品的保護。

　　A1型安全柜前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。

　　A2型安全柜前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。

　　A2型安全柜的負壓環繞污染區域的設計，阻止了柜內物質的泄漏。

　　二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏如實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。

　　B1型70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至區。

　　B2型為全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時生物性和化學性的安全控制。

　　在允許循環化學氣體的操作條件下，可以使用外接排放管道蓋的A2型二級生物安全柜。排放管道蓋與一般硬管不同的是有可吸入空氣的進氣孔；排放管道蓋與外排管道連接，然后接到一個外排風機。排放管道蓋上的持進氣流和下沉氣流的平衡至關重要。如果使用密封的外接風管，進氣流將會過強可能導致安全柜對產品的保護實效；而排放管道蓋上的進氣孔可以從室內吸入空氣，而不會影響安全柜內的氣流平衡。此條件只適用于微量有毒化學物質。如果不允許循環化學氣體，則必須使用裝備硬管的B2型二級生物安全柜。