凈化工作臺有許多可能的配置。為特定的應用理想的環境將需要仔細考慮氣流，工作臺設計和過濾選項。

層流方向

垂直和水平氣流工作臺在保持物體不受污染方面各有優缺點。面臨的挑戰是，當將物體放置在氣流中時，它的空氣動力學不是很理想，并且會阻塞一些氣流，從而在其周圍產生湍流。在有湍流的地方，空氣交換速率降低，并且可能與相鄰的氣流混合。湍流會向下延伸來自物體的空氣蒸汽。然后，來自湍流區域的能量可以將空氣吸回上游，朝向物體。

水平流  

當工件具有大的水平表面和/或垂直于氣流的狹窄橫截面時，水平氣流通常是比較好的。水平氣流也非常適合個人直接在工件上方工作的應用。在水平流動的凈化工作臺上，工作對象與工人的手或儀器之間始終保持清潔的氣流。當使用標準氣流速度為90 LFPM（每分鐘線性英尺）且工作區域為30英寸的凈工作臺時，進行完整的空氣交換所需的時間不到兩秒鐘。典型的水平層流工作站具有桌面和三面罩。HEPA過濾器位于工作表面的垂直后側，容易損壞。有時需要使用輔助格柵來保護過濾器。

垂直流

出于多種原因使用垂直流，但是主要考慮對象的大小和類型。大物體會阻塞水平層流工作站中的氣流，從而在物體的下游側產生大面積的湍流。這些湍流區域通常在吸入周圍空氣時被污染。在垂直流動下，空氣從頂部進入工作區域并向下流動，從而圍繞工作區域內的物體。空氣在前后，左右流動，并用干凈的過濾空氣在各個方向上沖洗物體。